Організаційно-методична діяльність Інституту має досить широкий спектр робіт і полягає в реалізації наукових і просвітницьких заходів, в методичній і практичній допомозі обласним офтальмологічним установам, в плануванні діяльності підрозділів і Інституту в цілому, впровадженні сучасних порядків, стандартів, клінічних рекомендацій щодо діяльності Інституту.
Організація виїзної і кураторської роботи з обласними офтальмологічними установами України;
Моніторинг надання офтальмологічної допомоги дорослому та дитячому населенню України;
Організація стажувань для вдосконалення професійних знань і навичок лікарів-офтальмологів;
Організація поточного і перспективного планування роботи підрозділів і в цілому Інституту;
Проведення планування, контролю та звітності з питань впровадження в практику результатів наукових досліджень в офтальмології;
Підготовка матеріалів для прийняття управлінських рішень (проектів наказів, розпоряджень, інформаційних листів, планів роботи, мережевих графіків);
Розробка, редагування та видання методичних рекомендацій, посібників для лікарів, а також матеріалів конференцій та з’їздів;
Участь у підготовці та проведенні науково-практичних конференцій, нарад, тематичних виставок та круглих столів, робота із засобами масової інформації;
Доведення до відома співробітників інструктивних і методичних матеріалів (листи, накази, законодавчо-нормативні акти, методичні рекомендації) щодо їх міри надходження.